Với hình ảnh xấu xa, tư cách thành viên hùng hậu và các nghi thức khai giảng bí mật, vô số thuyết âm mưu mâu thuẫn đã nảy sinh tuyên bố. Skull & Bones đã bị đổ lỗi cho mọi thứ rằng hội kín này là một phần của tổ chức ánh sáng toàn cầu mờ ám, hoặc trong sự kiểm soát của CIA, hay chỉ đơn giản là chuẩn bị cho các nhà lãnh đạo được bí mật lựa chọn trên thế giới.

Cục tình báo trung ương

Skull & Bones, đã truyền cảm hứng cho các thuyết âm mưu nham hiểm kể từ khi thành lập vào năm 1832. Một số người tin rằng tổ chức bí mật này đã kiểm soát Cơ quan Tình báo Trung ương Mỹ (viết tắt là CIA). Vẫn còn những ý kiến trái chiều đổ lỗi cho hội kín này về các Vụ ám sát John F. Kennedy.[53][54]

Vào năm 1945, sau khi chiến tranh kết thúc, Cục tình báo trung ương đã tuyển dụng rất nhiều tại tất cả các trường thuộc Liên đoàn Ivy.[53] Những giả thuyết đó đã nhận được sự giúp đỡ từ ít nhất một trong những thành viên nổi tiếng của hội nhóm là James Jesus Angleton,[12] ông là người đứng đầu lực lượng phản gián CIA trong gần hai thập kỷ từ năm 1954 đến năm 1975. Trong khi đó George H.W. Bush giữ chức vụ Giám đốc CIA, từ tháng 1 năm 1976 đến tháng 1 năm 1977.[55] Bản thân cơ quan mật vụ không chỉ là chủ đề của các thuyết âm mưu mà còn được chứng minh là đã tham gia vào các cuộc lật đổ chính phủ ở nước ngoài.

Trong những ngày cuối cùng trên cương vị tổng thống Bush thứ 41 vào năm 1992, ông đã ân xá cho người bị kết án là giám đốc cơ quan bí mật của CIA, bảo vệ ông ta khỏi 5 năm tù do hậu quả của vụ bê bối lớn nhất của chính quyền Reagan là Vụ bê bối Iran–Contra trái phép. George H.W. Bush đã xóa bỏ thêm ba lời nhận tội và hai phiên tòa đang chờ điều tra, trong số các bị cáo là hai quan chức CIA cấp cao khác bao gồm cả một trường hợp mà ông sẽ là nhân chứng đáng kể.[56] Do mối liên hệ giữa Yale hoặc Skull & Bones và CIA thông qua Bush, người ta mất dấu thực tế rằng bản thân các thành viên của hội có thể là đối tượng quan sát và bị nghi ngờ.

Hội Tam Điểm

Xung quan câu chuyện khi William H. Russell là sinh viên tại Yale, lập ra Order of Skull & Bones sau khi đến thăm một hội kín huyền bí ở Đức. Bí ẩn đó đã dẫn đến những cáo buộc về ác ý. Đứng đầu trong số các nhà phê bình là Antony Sutton, một nhà sử học đã viết một cuốn sách về Skull & Bones vào năm 1986, có tên là Sự thành lập bí mật của nước Mỹ (America's Secret Establishment) đã trở thành một cái gì đó rất hấp dẫn cho các lý thuyết âm mưu. Cuốn sách cho rằng các gia đình thuộc dòng dõi cũ của hội nhóm này đang cố gắng biến nước Mỹ thành một quốc gia do các "Bonesmen" điều hành. Tuy nhiên, tất cả mọi người được phỏng vấn cho bài báo này đều không đồng ý với luận điểm của ông.[27]

Thuyết Satan huyền bí

Ngoài việc trình bày mạng lưới các mối quan hệ được tạo ra bởi mệnh lệnh và các kết luận và giả định dựa trên nó, các nỗ lực cũng được thực hiện để chứng minh các cáo buộc cụ thể (thuyết huyền bí, thuyết satan), tất nhiên dẫn đến tin đồn được lan truyền mà không có thông tin đáng tin cậy.

Vào ngày 21 tháng 4 năm 2001, một nhà báo người Mỹ là Ron Rosenbaum cho rằng ông đã ghi lại một đoạn video về nghi lễ nhập môn đầy thô tục và mô tả bạo lực bằng một camera hồng ngoại ẩn.[57] Nó chỉ ra rằng thủ tục không khác gì các nghi thức tương tự của trẻ sơ sinh. Trong quá trình bắt đầu, những thành viên mới đến được yêu cầu hôn chiếc hộp sọ trong khi các thành viên khác của cộng đồng hét lên nhiều lời tục tĩu khác nhau.

Cũng theo điều này thì Alexandra Robbins (tác giả của Cuốn sách Bí mật của ngôi mộ: Skull & Bones, Ivy League, và những con đường quyền lực tiềm ẩn - Secrets of the Tomb: Skull and Bones, the Ivy League, and the Hidden Paths of Power) phản bác ý kiến và coi vấn đề này giống như một trò nhại, nếu không phải là một sự lừa dối có chủ ý để "xóa sổ" Rosenbaum.